В 1844 году строительство Свято-Троицкой церкви было завершено, и в том же году она была освящена преосвященным Афанасием, епископом Томским. К центральной церкви был пристроен придел в честь священномученика Харалампия Магнезийского в 1858 году, а в 1888 году - южный придел в честь великомученика Димитрия Солунского, являвшегося покровителем Сибири.
В Советское время храм был закрыт. В 1945 году церковь возвращена верующим. В праздник Сретения Господня, церковь была заново освящена в 1946 году. Она восстанавливалась силами верующих. Среди храмовых святынь прежде всего почитаема икона с частицей мощей священномученика Харалампия. За проповедание веры Христовой святой Харалампий предстал в возрасте 113 лет перед мучителями.
В начале 60-х годов настоятелем церкви был священник князь Константин Шаховской - руководитель и основатель кружка православной молодежи Томска. Сегодня при церкви действует библиотека и воскресная школа.
В настоящее время является действующей, ведутся Богослужения.
Объект № 7853, 14 августа 2011 г.