Датой основания музея истории Алтайской духовной миссии считается 28 января 2008 года. Но до этого момента была проведена колоссальная организаторская работа со стороны Алтайского духовенства и администрации г. Бийск. Было решено, что музей будет размещаться на территории бывшего Бийского Архиерейского подворья. Оно было центром духовной жизни Алтая с конца 19 по 20-е годы 20-го века. За два года до открытия музея шел активный сбор его будущих экспонатов: икон, церковных книг, портретов выдающихся деятелей духовенства, картин, предметов культа и быта.

Всего в фондах музея истории Алтайской духовной миссии собрано более 3 тыс. экспонатов. Самым древним из них является старопечатная книга «Октоих» 1618 года издания. Особенный интерес у посетителей вызывают следующие экспонаты: Владимирская Икона Пресвятой Богородицы 19 века, которая единственная сохранилась при страшном пожаре старинного особняка, когда сгорело буквально все, и огромный православный крест тоже 19-го века. Его даже разрубил какой-то варвар на части, чтобы сдать в металлолом за деньги, тем не менее он сохранился. Сохранились также фрагменты старинных чугунных надгробных плит.

Библиотека музея истории Алтайской духовной миссии насчитывает 290 редчайших православных книг, краеведческих и научных изданий конца 19-го – начала 20-го века. В музее истории Алтайской духовной миссии открыто 117 фондов как тематических, так и личных. Регулярно проводятся тематические выставки. Работает воскресная школа.