Часовня над местом погребения святого Феодора в Томске расположена на территории Богородице-Алексиевского мужского монастыря, к северо-западу от храма Казанской Божией Матери.

Согласно легенде, старец Федор Кузьмич был некто иной, как император Александр I, который отрекшись от престола, ушел в Сибирь отмаливать грех отцеубийства.

Умер Феодор Кузьмич в домике-келье во дворе усадьбы С.Ф. Хромова на углу улиц Монастырской и Нечаевской (теперь улицы Крылова и Фрунзе). Келья эта сразу стала городской достопримечательностью. Ее посещали многие гости Томска, среди которых был и наследник престола Российского, будущий император Николай II. Дом Хромова в измененном виде сохранился до наших дней, а келью снесли в Советское время. Отпевание старца состоялось 23 января 1864 года в Казанском храме, после чего его тело было погребено к северо-востоку от алтарей церкви. Могила Феодора Кузьмича сразу стала местом настоящего паломничества.
Часовня над местом погребения святого Феодора в Томске была построена 1904 году по проекту архитектора В.Ф. Оржешко, на средства его почитателей.

После закрытия монастыря, часовню над местом погребения святого Феодора разобрали (1936 год). Под слоем обломков и земли было скрыто и само ее местоположение.

В 1991 году организации и частные лица собрали достаточно средств, на которые ими был заказан проект восстановления часовни. В 1995 году были проведены раскопки по поиску захоронений Федора Кузьмича. Мощи были обретены 6 июля 1995 года, затем их поместили в специальную раку и залили восковой мастикой с елеем, привезенным из Иерусалима (мощи в настоящее время находятся в Казанском храме). В 1997-1998 годах Часовню над местом погребения святого Феодора в Томске восстановили по первоначальному проекту на прежних фундаментах.