Храм Рождества Иоанна Предтечи в Республике Бурятия построен в поселке Усть-Баргузин, который расположен в Баргузинском районе, в устье реки Баргузин. Население его более 7 тысяч человек, это населенный пункт городского типа. Место расположения храма Рождества Иоанна Предтечи в Республике Бурятия очень живописное, церковь является одной из достопримечательностей местности .

Церковный приход здесь был организован в 1994 году. Но храм Рождества Иоанна Предтечи в Республике Бурятия в этой местности появился не сразу. Первоначально по просьбе православных верующих Администрация поселения для молитвы выделила небольшую комнату в Доме культуры. Из Баргузина проводить богослужения приезжал иерей Геннадий Комаров. В 1995 году по просьбе прихожан помещение для церковной службы расширили: было безвозмездно для прихода выделено деревянное здание детского сада. Настоятелем был назначен в 1995 году иерей Владимир Агафонов. После регистрации и начались ремонтно-строительные работы.

Силами прихожан и благотворителей начали строить деревянную, одноэтажную церковь Храм Рождества Иоанна Предтечи в Республике Бурятия. За время стройки сменилось несколько настоятелей прихода. Богослужения проходили и проходят регулярно. Приход растет и преображается с каждым годом.