Главным храмом Томского Богородице- Алексиевского мужского монастыря служит Казанская церковь. Она имеет приделы в честь Алексия, человека Божьего и святых Лавра и Флора. Она возведена в начале 17 века.
Первоначально строение было деревянным, неоднократно сгорало. В 1789 году было возведено каменное современное церковное здание в стиле сибирского барокко. Главный придел церкви освящен в честь явления иконы Божией Матери в городе Казани, северный - во имя святых мучеников Лавра и Флора, а южный придел - во имя преподобного Алексия человека Божия. В 1922 году монастырь перестал существовать, но при Казанской церкви по-старому существовала община верующих. Закрылась церковь несколько лет спустя. Вначале 1990-х годов началось возрождение церковной жизни. Верующим был вновь возвращен Казанский храм и келейный корпус в 1992 году.
В настоящее время является действующим, ведутся церковные службы в будни и в праздники.
Объект № 7852, 14 августа 2011 г.