В 1900 году на железнодорожном вокзале станции Верхнеудинск была построена церковь. Приход постоянно увеличивался. Храм прослужил вплоть до закрытия в 1937 году. После закрытия здание церкви стало использоваться в качестве зала ожидания пассажиров станции.

В 2002 году было принято решение построить вблизи железнодоржного вокзала маленькую часовню. В 2004 году архиереем Читинской и Забайкальской епархии епископом Евстафием был освящен и установлен закладной камень со святыми мощами святителя Иннокентия. Возведение храма осуществлялось за счет пожертвований железнодорожников Улан-Удэнского отделения ВСЖД. Строительство велось под контролем начальником ВСЖД А.В. Воротилкина.

В апреле 2006 года был установлен первый купол и крест. Их освящение провел протоиреей Олег Матвеев. В августе того же года Управляющим Читинской и Забайкальской Епархии епископом Евстафием было проведено освящение Свято-Никольского храма.
Сейчас это действующий храм. Приход постоянно увеличивается. Проводятся регулярные богослужения.