Собор Петра и Павла находился в городе Барнаул на месте современной площади Свободы.

Первое церковное здание появилось на этом месте еще в 1749 году. При церкви имелось маленькое кладбище, где в 1766 году был похоронен Иван Ползунов, изобретатель русской паровой машины. Эта деревянная церковь просуществовала 19 лет, в 1767 году были выделены средства на строительство нового каменного храма. Собор Петра и Павла было решено строить по проекту архитектора Д.П. Макулова, который спроектировал его в стиле барокко. Старую же обитель не уничтожили, а разобрали и перенесли в другое место.

Новый собор Петра и Павла получился довольно высоким, по сравнению с остальными городскими зданиями. В 1960 году на колокольню был поднят 700-пудовый колокол. Капитальный ремонт помещений был совершен в XIX веке, при этом храм частично утратил элементы стиля барокко.

С приходом советской власти, в 1935 году собор Петра и Павла в городе Барнаул был разобран. Внутреннее убранство, иконы и книги, находившиеся внутри, были варварски уничтожены, также как и кладбище, которое испокон веков располагалось рядом.