В первой половине ХIХ века в Бурятии начинается интенсивное распространение христианства среди местного населения. В 1820 году в Тунке был построен Никольский храм. Каменная Троицкая миссионерская церковь была построена в 1866 году на месте сгоревшей деревянной. Строительство осуществлялось за счет благотворительных средств, пожертвованых жителями Тункинской долины, и продолжалось около 6 лет.

Церковь имела несколько престолов. Главный престол во имя Пресвятой Троицы, находился на первом этаже, на втором этаже - средний, во имя Всемилостивого Спаса. В храме находится Икона Пресвятой Богородицы, которую пожертвовала императрица Александра Федоровна, серебряный крестильный прибор, пожертвованный наследником цесаревичем Алексеем Александровичем.

В настоящее время храм является дейстующим. Богослужения проходят регулярно, осуществляются Таинство Крещения и другие церковные обряды. Приход постоянно растет.