Свято-Троицкая церковь возвышается в селе Онгудай, которое является административным центром Онгудайского района Республики Алтай. Поселение расположено в межгорной Урсульской степи на живописных берегах речки Урсул. Здесь В середине ХIХ века здесь было основано первое стан-поселение Алтайской духовной миссии Русской православной церкви в этих краях.
Свято-Троицкая церковь относится к современным культовым строениям в Онгудае. В позапрошлом столетии здесь функционировали другие обители. В 1879 году на территории села с помощью священника-миссионера К.П.Соколова был построен Успенский храм, освященный епископом Владимиром в 1881 году. Назвали его в честь Успения Божией Матери. Это было деревянное здание с колокольней, построенное на деньги бийского купца А.В. Соколова. В советское время храм был разорен и частично разрушен. После его закрытия в помещении располагались библиотека и музей. В конце ХХ века строение было передано Православной Церкви. Его частично восстановили и в 1996 году освятили в честь Святой Троицы.
На сегодня Свято-Троицкая церковь в селе Онгудай Республики Алтай играет большую роль в культурно-просветительской жизни села, настоятелем храма является священник Павел Тайченачев. У храмового алтаря захоронены известные в этой местности люди: первый писатель-алтаец протоиерей Михаил Чевалков и иеромонах Платон.
Объект № 16457, 5 февраля 2014 г.