Церковь Иоанна Кронштадтского была открыта в городе Бийск по адресу улица Андреевская, дом 34.
Первые упоминания о церкви относятся к 1883 году, когда было открыто Алтайское миссионерское Катихизаторское училище, при котором была домовая церковь, освященная во имя Иоанна Кронштадтского.

Постепенно статус училища изменялся. В конце августа 1890 года был учережден совет училища, спустя еще год, училище стало являться церковно-приходской школой. В 1993 году выпускникам школы было разрешено поступать в духовную семинарию для получения дальнейшего образования.
Спустя 13 лет после открытия, училище вместе с церковью было решено реконструировать, и именно тогда был заложен первый камень в новый кирпичный корпус. Было проведено богослужение, которое возглавил Преосвященнейший Мефодий (Герасимов), епископ Бийский. В начале января 1896 года он же освятил и церковь Иоанна Богослова, которая обосновалась на втором этаже нового корпуса.

В настоящее время храм прекратил свое существование, а в здании училища сейчас располагается Дом офицеров.