Церковь Михаила Архангела возвышается в селе Мыюта, которое находится в Шебалинском районе Республики Алтай. Временем создания поселения считается 1826 год, а в 1845 году здесь зародился Мыютинский стан Алтайской Духовной Миссии. Первоначально службы миссии проходили в походном храме, проводились приезжими священниками.

Деревянная однопрестольная церковь в честь Михаила Архангела была построена в 1873 году на средства православных миссионеров. В начале ХХ века она была расширена и реконструирована. После революции при советской власти храм закрыли и помещения отдали под клуб, в 60-е года ХХ века их разобрали.
Восстановление церковной жизни в этом крае произошло благодаря праправнучке протоиерея Василия Постникова Ахтуловой Татьяне Михайловне. По ее инициативе и при поддержке руководителя одного из новосибирских предприятий Дольниковой Марии Николаевны в начале ХХI века на месте старой обители отстроили новый храм. В 2011 году он был освящен во имя Михаила Архангела иереем Павлом Тайченачевым с благословения Преосвященнейшего Максима, епископа Барнаульского и Алтайского.

Сегодня в церкви в честь Михаила Архангела в селе Мыюта Республики Алтай проходят службы, создан музей, посвященный истории Алтайской Духовной Миссии.