Церковь Пантелеимона находится в селе Балыктуюль Улаганского района Республики Алтай. В 1882 году здесь был построен временный храм для обращения местных жителей в христианскую веру. На денежные средства купца И.А. Щетинина в 1898 году православными с участием митрополита Макария Белея была возведена церковь. Это был деревянный однопрестольный храм с колокольней, который в 1899 году освятил епископ Сергий. В 1905 году при обители действовала миссионерская школа.

В советское время, как и многие религиозные учреждения, здание церкви Пантелеимона использовалось не по назначению, сооружение лишилось купола и колокольни. Сначала в нем находился сельский клуб, затем склад для зерна, а после музей. В 1993 году помещения были возвращены верующим. Их восстановление длилось с 1994 по 1997 года, но в результате поджога в 2005 году они сгорели. Строительство нового храма продолжалось три года.

На сегодня церковь Пантелеимона в селе Балыктуюль Республики Алтай представляет собой деревянное двухпрестольное здание, в котором главный предел освящен в честь Святого Великомученика и целителя Пантелеимона. Настоятелем прихода является местный уроженец игумен Макарий. Службы проходят на двух языках: церковно-славянском и алтайском.