Чистоозёрное находится в Барабинской низменности, в 70 километрах к юго-востоку от города Татарск, в 420 километрах к западу от Новосибирска. В 12 километрах от озера Чаны, 63 километрах к северо-западу от города Карасук. Чистоозёрное основано было при строительстве железной дороги Татарск — Карасук на берегу озера Чистое в 1913 году.

Через станцию Чистоозёрная ходят поезда в направлении следующих населенных пунктов, таких как: Татарск, Кулунда, Карасук, Москва, Барнаул, Новосибирск. Расписание поездов содержит время прибытия и отправления, дни следования и графики движения поездов. Популярные направления: Станция Чистополье. Через Чистоозёрную курсирует 17 поездов, из них 2 фирменных. Проходят поезда: Новосибирск - Главный - Кулунда, Бийск - Москва, Барнаул - Москва и другие. Железнодорожные билеты поступают на станцию за 45 дней до отправления поездов. Билеты можно заказать также и по интернету.