Каракокшинская пещера находится на территории Чойского района Республики Алтай. Она расположена на северном склоне хребта Иолго, в водоразделе рек Каракокши и Чемалы. Постановлением Правительства Республики Алтай от 16 февраля 1996 года подтвержден статус памятника природы.

Название свое получила по одноименной реке, которая протекает неподалеку от пустот, которые расположены на высоте 2000 метров над уровнем моря. Местные жители, охотники и проводники знали эту полость давно, а получила пещера известность после обследования ее группой туристов под руководством В. П. Тырышканов в 1967 году. Общая протяженность пустот составляет 520 метров, глубина заложения – 24 метра.

Пещера расположена в мраморированных светло-серых известняках кембрия, имеет два уровня, которые соединяются колодцами. Строение интересно тем, что под первым этажом течет подземная река. Весной вода в реке поднимается и затопляет пустоты внизу, по вертикальным разломам вода поднимается на второй уровень, где создает причудливой формы озера и ручейки. Первый этаж невысокий, второй имеет высоту стен до семи метров в большом зале Орла. Натечных образований на стенах мало.