Одной из категорий ООПТ Республики Алтай являются заказники. Здесь их расположено 5, в том числе Шавлинский, Кош-Агачский, Турочакский.

Сумульский и Шавлинский государственные заказники в Республике Алтай появились в 1981 году в качестве зоологических. В 1992 г. Шавлинский заказник Алтая получил новый статус, став комплексным биологическим заповедником. С этого времени под охраной оказались не только представители царства Животных, но и растительный мир территории.

Площадь ООПТ: 237200 га, что составляет 2,6% площади республики. В пределах объекта расположено озеро, что отражено в названии этой особо охраняемой природной территории. Шавлинский заказник – уголок природы Алтая, наименее затронутый антропогенной деятельностью. Он находится на удалении от автодорог и населенных пунктов, огражден труднодоступными отрогами горных хребтов.

Труднодоступность сыграла свою роль в том, что здесь сохранились редкие виды растений, включенные в региональную Красную книгу. Видовое богатство фауны заказника связано с особенностями географического положения и природных комплексов. В лесах много крупных хищников, парнокопытных, пушных зверьков, велико также разнообразие птиц.

В наши дни Шавлинский заказник Алтая не утратил своего значения в деле сохранения биоразнообразия территории, но, к сожалению, в заказнике отмечены неоднократные случаи браконьерства, за что в народе природоохранная территория получила нелестное название «вотчины браконьеров».