Река Мильтюш относится к Верхнеобскому бассейновому округу и протекает на территории Новосибирской области и Алтайского края. Протяженность водоема составляет 76 километров, площадь водосборного бассейна 812 км?. Она относится к бассейну реки (Верхняя) Обь до впадения Иртыша, устье находится в 3008 километрах по правому берегу Новосибирского водохранилища (река Обь), является самым большим по протяженности после Берди притоком Оби, имеет девять именных притоков. После заполнения Новосибирского водохранилища в границах деревни Бурмистрово (Искитимский район Новосибирской области) река Мильтюш переходит в залив водохранилища. По данным государственного водного реестра России относится к Верхнеобскому бассейновому округу, водохозяйственный участок реки — Обь от города Барнаул до Новосибирского гидроузла, без реки Чумыш, речной подбассейн реки — бассейны притоков (Верхней) Оби до впадения Томи. В устье реки Мильтюш водятся язи, лещи, ельцы, плотва, пескари и караси.

В районе села Бурмистрово, в устье реки Мильтюш, находится детский оздоровительный лагерь «Бригантина» на 110 детей, являющийся структурным подразделением санатория "Рассвет", расположенного в Бердской зоне отдыха за Зеленой рощей. Ещё одной из достопримечательностей окрестных мест побережья реки и села Бурмистрово - Храм во имя святого равноапостольного князя Владимира. Деревня с прилегающими территориями образует Бурмистровское сельское поселение.

На берегах реки Мильтюш в Новосибирской области расположен поселок Степной, прославленный активной рыбалкой и красотой местной природы, а также вдоль верхнего и нижнего течения - несколько охотничьих хозяйств. Прилегающие к нескольким деревням Искитимского района берега реки Мильтюш стали популярной рекреационной зоной. Для многих новосибирцев поездка сюда была связана со значительной территорией, на которой были разбросаны лагеря, базы отдыха, дачи и места традиционных туристических стоянок.