Река Сема протекает по территории Онгудайского и Шебалинского районов Республики Алтай России. Крупные населенные пункты вблизи нее: административный центр - село Шебалино, поселки Камлак и Усть-Сема.

Исток Семы - знаменитый Семинский горный перевал, устье - речка Катунь. Протяженность 73 км. По всей речной длине проходит Чуйский тракт. Сема имеет множество притоков, главные из которых - Сарлык (правый) и Топучка (левый).

Долина реки Сема славится урочищем Орешная Яма, Тимошкиным и Артемьевым логом, логом Большой Катаил и Курносов; в устье расположен знаменитый лагерь "Орленок". В месте ее впадения в Катунь располагается Горно-Алтайский ботанический сад. Речка служит местом тренировки спортсменов по гребному слалому и рафтингу. Здесь проходят соревнования по этим видам спорта.